空間トランスクリプトーム解析 | Visium/Visium HD^*1

空間オミックス解析の1種である空間トランスクリプトーム解析法は、3つのタイプに大別されます。手法ごとに得られる結果が大きく異なるため、研究目的に合わせて最適な手法を選択することが重要となります。

①関心領域（ROI）タイプ
レーザーやUVなどで選択した組織切片上の関心領域について、通常のRNA-seq（トランスクリプトーム）解析を実施する手法です。病変部や腫瘍部などの関心領域における、バルク（集団の平均値）の網羅的な発現情報を取得可能です。しかしながら、個々の細胞の発現情報や空間的な位置情報を得ることはできません。

②スポットタイプ
基盤上に配置した1スポット単位で、遺伝子発現解析を実施する手法です。空間的な位置情報を保持しながら、網羅的な遺伝子発現解析が可能です。ただ、スポットのサイズやスポット間の距離により、1スポットに数十個程度の細胞が含まれたり、解析されない細胞が一定数生じます。近年、細胞とほぼ同サイズのスポットで、スポット間の隙間のない高解像度タイプも登場しています。スポットサイズやスポット間の距離に関わらず、取得した発現情報がスポット内のどの細胞に由来するかは特定できません。

③シングルセル/1分子タイプ
組織切片上のRNAを１分子ごとに検出し、細胞境界情報と併せて解析することで、シングルセルまたはサブセル（1細胞以下）レベルで、トランスクリプトーム解析を実施する手法です。個々の遺伝子が発現する位置（組織内の細胞や細胞内局在）と量を計測する遺伝子発現解析ができます。ただ、検出遺伝子数については、数百～数千遺伝子と網羅性に関してはまだ課題もあります。

がん組織のHE染色像と各スポットの発現プロファイルに基づいた各領域の分類結果

各スポットの網羅的な発現情報（発現プロファイル）に基づいてスポットをクラスタリングし、各スポットの位置情報に従ってHE染色像（左図）に各スポットを割り当てると、形態学的特徴や空間的配置との対応が見られました（右図）。HE染色像から判断した線維化領域を▲で示しています。クラスタ１（C1）は、 HE染色像から判断した線維化領域に対応していました。

スポットのクラスタリング結果と各スポットに特徴的な遺伝子発現

スポットのクラスタリング結果と各スポットに特徴的な遺伝子発現

各スポットのクラスタリング結果をUMAPにより二次元上にプロットしました（左図）。１つの点が１つのスポットを示します。各点には各スポットの発現プロファイルが紐づいており、発現が類似しているほど各点は基本的には近くに配置されます。各クラスタで特徴的な遺伝子の発現量と発現割合をドットプロットで図示しました（右図）。縦軸は遺伝子、横軸は各クラスタに対応しています。遺伝子の発現量をドットの色の濃淡で、遺伝子を発現しているスポットの割合をドットの大きさで示しました。

線維化領域に特徴的な遺伝子の発現

線維化領域に特徴的な遺伝子の発現

病理切片上のクラスタ1（C1：線維化領域）を茶色に表示しました（左図）。 HE染色像から判断した線維化領域を▲で示しています。また、線維化領域で特徴的に発現する遺伝子の発現量をバイオリンプロットで図示しました（右図）。線維化に関連する遺伝子が、C1で特徴的に発現していました。尚、C6は平滑筋細胞が多く存在する領域と推定され、線維化領域とは区別しています。

TGFβシグナル伝達関連遺伝子の発現分布

TGFβシグナル伝達関連遺伝子の発現分布

線維化に関与することが知られているTGFβシグナルの関連遺伝子の発現量を、HE染色像上にヒートマップで示しました。いずれの遺伝子も、C1で特徴的に発現していました。また、 TGFβは免疫抑制性サイトカインとしてもよく知られています。そこで次に、その他の免疫抑制シグナル伝達経路についても検討しました。

免疫抑制シグナル伝達関連遺伝子群の発現分布（スコアリング表示）

免疫抑制シグナル伝達関連遺伝子群の発現分布（スコアリング表示）

腫瘍には、制御性T細胞（Treg）や腫瘍関連マクロファージなどの免疫抑制に関与する細胞が存在し、抗腫瘍免疫応答の抑制に関与することが知られています。免疫抑制に関わるシグナル伝達経路に関連する遺伝子群の発現量をスコアリングして、ヒートマップで示しました。スコアが高い（スポットが赤色）ほど、各シグナル伝達関連遺伝子群の発現量が高いことを示します。線維化領域（▲）では、免疫抑制に関わるシグナル伝達経路が活性化していると考えられます。

このように、スポットタイプの空間トランスクリプトーム解析では、高い空間分解能を持つ網羅的な発現プロファイルを取得することができます。空間情報に紐づけられた遺伝子発現解析により、組織学的特徴と発現プロファイルを対比することや、組織学的には明瞭に分類しにくい領域を発現プロファイルによって分類し特徴付けることが可能となります。

さらにVisium HDでは、本解析で使用したVisiumの解像度(スポット径55µm） に比べ、より高解像度（隣接した8µm四方のスポット）な解析結果が取得可能です。