RamDA-seq解析

当データ解析サービスは、理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム(チームリーダー二階堂愛博士)の技術指導および監修の下にご提供しています。

※受託解析サービスの詳細はこちら

用途

• 1細胞レベルでのcodingおよびnon-coding RNA（lncRNAなど）の発現解析
• 超微量RNA（10pg～）からのtotal RNAシーケンス解析
• 1細胞レベルのスプライシング異常検出
• 細胞集団に含まれる各細胞タイプの推定^*3（未知の細胞タイプ検出を含む）
• 細胞集団に含まれる各細胞タイプで特徴的に発現する遺伝子の同定
• 群間における各細胞タイプでの発現比較（発現変動遺伝子の高感度検出）
• 多数の細胞中に混在する希少細胞における高感度な発現変化の検出
• 擬時間（pseudotime）解析による高精度な分化経路推定

※関連する解析サービス
   従来法（polyA RNA検出）のシングルセルRNA-seq解析  ＞
   ホルマリン固定後のシングルセルトランスクリプトーム解析  ＞
   シングルセルレパトア解析＋シングルセルRNA-seq解析  ＞
   シングルセル空間トランスクリプトーム解析  ＞
   スポット型空間トランスクリプトーム解析  ＞

このような方に

• 従来法では検出できなかった多くのnon-coding RNA(lncRNAなど)やpre-mRNAを解析したい方
• 従来法では検出が困難な超微量RNA（10pg～）からの遺伝子発現解析をご希望の方
• 自身の研究目的に最適な実験デザインの検討から始めたい方
• 共同研究先の対応スピードや、一方向的な情報科学的解析手法にお悩みの方

当社の特徴

• 共同研究に近いタイプの受託解析サービス(定型的な受託解析ではありません)
• ウェット実験とデータ解析の両分野の経験豊富な専門技術者が直接対応
• RamDA-seq開発元の理研より唯一技術導入した信頼性の高いデータ解析法
• 生物学的意義を踏まえたデータ解析サービス(詳細はこちら)
• 解析結果の生物学的解釈のサポート

※「当社が選ばれる4つの理由」はこちら

従来法との比較(イメージ図)^*2

従来のシングルセルRNA-seq解析法ではpolyA RNAの一部の領域しか検出できませんでしたが、RamDA-seqではpolyA RNAおよびnon-polyA RNAの全RNA種を検出可能です。また、各RNA種の5’領域から3’領域に渡る全長の領域(Exon ＋ Intron)を高感度に検出することが可能です。

(※)   polyA RNAは長鎖mRNAのイメージ図です。

Coding RNAおよびnon-coding RNAにおける検出比較

RNAは、タンパク質に翻訳されるmRNA等のcoding RNAと、翻訳されないlncRNA等のnon-coding RNAに分けられます。従来法では、coding RNAやnon-coding RNAのごく一部しか検出できませんでした。一方 RamDA-seq法では、 coding RNAとnon-coding RNAの両方のRNA種を網羅的にかつ高感度に検出することが可能です。

		coding RNA	non-coding RNA
従来法	polyA RNA	・mRNA	・lncRNA
RamDA seq		・mRNA(高遺伝子検出数)	・lncRNA(高遺伝子検出数)
	non polyA RNA	・pre-mRNA(mRNA前駆体) ・histone mRNA	・lncRNA(高遺伝子検出数) ・enhancer RNA(※1,2) ・circRNA(※2) ・antisense RNA(※3) ・arcRNA(※1,3) ・snoRNA ・snRNA(※1) ・他のnon-coding RNA

(※1)   polyA RNAを一部含む
(※2)   lncRNAの1種
(※3)   lncRNAを含む
(注1)  主要なRNA種のみ表記しています。
(注2)  RNAの分類は表記当時の解釈であり今後追加修正の可能性があります。

解析例

• 解析例1  iPS細胞由来神経幹細胞分化に伴い変動するcoding及びnon-coding RNAの検出  ＞

解析例1  iPS細胞由来神経幹細胞分化に伴い変動するcoding及びnon-coding RNAの検出

ヒトiPS細胞をembryoid bodyに分化させた細胞を浮遊培養し、形成されたニューロスフィアのRamDA-seqデータ（網羅的なRNA発現プロファイル）を用いて、神経幹細胞の分化に伴い特徴的に発現量が変化するcoding RNAおよびnon-coding RNAの検出を行いました。

解析フロー

細胞懸濁液

シングルセル化

ライブラリ調製 シーケンシング シーケンスデータ 発現量推定・正規化

クラスタリング

発現変動遺伝子抽出

細胞タイプ推定

各種解析 解析結果

受入物

※細胞懸濁液やライブラリ調製からの解析をご希望の場合はご相談下さい。

納品物

• 解析報告書
• シーケンスデータ
• 細胞クラスタリング画像データ
• 各クラスタの細胞数データ
• 各種遺伝子の発現データ(発現量、発現分布)
• 各種遺伝子リストなど

• 解析報告書
• 細胞クラスタリング画像データ
• 各クラスタの細胞数データ
• 各種遺伝子の発現データ（発現量、発現分布）
• 各種遺伝子リストなど

※実際の納品物は、ご依頼内容により変わります。

価格・納期

ご依頼の解析内容により異なりますので、詳細はこちらよりお問い合わせください。

ご注意事項

受入物を品質検査した結果、解析をお引き受けできない場合があります。

よくあるご質問(FAQ)

受託解析サービスの種類について教えてください。

現在、「シーケンシングから」と「データ解析から」の2種類のサービスをご提供しています。cDNA調製キット及びライブラリ調製キットについては、東洋紡株式会社で販売中です（詳細はこちら）。細胞懸濁液やライブラリ調製からご依頼をご希望の場合はお問い合わせ下さい。実験デザインの策定や細胞調製等に関するご相談については、弊社でサポートしています。目的とする解析結果を取得するためには、当初からデータ解析を考慮した実験デザインの策定が非常に重要になりますので、ウェット実験を始められる前にまずはご相談下さい。

解析できる生物種について教えてください。

現在はヒトとマウスのみに対応しています。

検体やデータはどのように提出したら良いですか？

調製済みライブラリの場合は、凍結状態でドライアイスを同梱し冷凍便にてお送り下さい。発送日は事前にご相談下さい。シーケンスデータの場合は、専用サイトにアップロード頂くか、HDDに保存してお送り下さい。

お問い合わせ

こちらよりお問い合わせください。
専門技術者が原則24時間以内にご連絡します。(土日祝日は除く)

参考文献

Hayashi, T. et al. "Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs", Nature Communications 9(1):619 (2018). doi: 10.1038/s41467-018-02866-0

Ozaki, H. et al. “Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets.”, BMC Genomics 21, 177 (2020). doi: 10.1186/s12864-020-6542-z

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE125288