RNA-seq解析

RNA-seq解析とは

次世代シーケンサー(NGS)を用いて全転写産物の塩基配列を決定することにより、転写産物量を網羅的に推定できるだけでなく、新規転写産物の探索も可能です。選択したプローブの範囲内でしか変化を検出できないマイクロアレイ法に対して、転写産物を直接シーケンスして発現プロファイルを取得するため、全く予想しなかった発現変化も検出できます。さらに、アレイ法に比べて高発現でも飽和しにくく感度も高いため、ダイナミックレンジが広く高い定量性を持っています。 

弊社受託解析内容、解析例は下記をご覧ください。

用途

  • 既知/新規遺伝子の網羅的発現量推定
  • 発現変動遺伝子(DEG)の抽出
  • 発現変動遺伝子の機能解析(GO解析*1、GSEA*2など)

解析例

参考文献(Gunewardena et al.)に報告されたマウス新生児の肝臓RNA-seqデータを公共データベースから取得し、マッピング、発現量推定、発現変動遺伝子(DEG)抽出、GO解析を行いました。

マッピング結果

マッピング結果

チトクロムP450ファミリー遺伝子(Cyp1a2)に対するマッピングデータを図示しました。出生後0日肝臓由来RNAのリードカウント(目的遺伝子に由来するRNAの断片数に相当)を青で、10日肝臓由来RNAの結果を赤で、それぞれ2例ずつ、また遺伝子の構造を緑で表示しました。横軸は染色体上の位置を示しています。同様に全遺伝子にマップされた断片数を数えて正規化し、網羅的に全転写産物の発現量を推定しました。

発現変動遺伝子抽出結果の一例

gene id gene
name
day0
count
day10
count
day0
FPKM
day10
FPKM
fold
change
p value q value
ENSMUSG
00000025347
Mettl7b 27.517 16,700.500 1.013 615.637 607.736 5.000E-05 3.757E-04
ENSMUSG
00000054827
Cyp2c50 3.981 2,333.840 0.105 55.867 532.067 5.000E-05 3.757E-04
ENSMUSG
00000069456
Rdh16 2.555 1,050.840 0.041 13.705 334.268 7.050E-03 2.665E-02
ENSMUSG
00000003053
Cyp2c29 3.626 950.348 0.088 22.878 259.977 1.000E-04 7.026E-04
ENSMUSG
00000067656
Slc22a27 2.444 707.634 0.055 14.063 255.691 3.500E-04 2.134E-03
発現変動遺伝子抽出結果の一例

(Mouse newborn liver, Day0 vs Day10, n = 3)
統計検定によりday10で有意に発現量が増加した遺伝子の一部を図示しました。この表はデータ項目を簡略化してあり、実際の納品データとは様式が多少異なります。

発現変動遺伝子に対するGO解析

発現変動遺伝子に対するGO解析結果

(day10での発現増加率上位200遺伝子に対するGO解析)
Monooxygenase activityに関するGOタームを持つ遺伝子が有意に高い割合で含まれることが分かりました。新生児期にはmonooxygenaseの一種であるチトクロムP450の種類や発現量が大きく変化すると言われており、そのような変化が検出された可能性が考えられます。RNA-seq解析からはこの様に、細胞集団全体で起こった特徴的な変化を事前予測なしに抽出することが可能です。
しかし、試料中に少数しか存在しない細胞で特徴的な変化が起こるような場合には、感度的には検出可能であっても「網羅的に解析する」ことは困難なため、その様な解析には、1細胞ごとに発現プロファイルを取得するSingle Cell RNA-seq解析法が用いられます。Single Cell RNA-seq解析サービスについてはこちらをご覧ください。

特徴

  • 論文引用実績のある解析手法を採用
  • 論文、学会発表に使用できる各種グラフの作成まで一貫してサポート
  • スピーディーな解析結果報告(6営業日~)
  • 各種正規化方法に対応(TPM*3、FPKM*4、RPKM*5、TMM*6など)

解析フロー

シーケンス生データ クオリティコントロール マッピング 発現量推定・正規化 発現変動遺伝子抽出 機能解析GO解析
GSEA
パスウェイ解析
クラスタリング 可視化ヒートマップ
各種グラフ作図

解析フロー

納期・価格

ご依頼の解析内容により異なりますので、詳細はこちらよりお問い合わせください。

受入データ

シーケンスデータ(FASTQファイル)

サービスの流れ

こちらをご覧ください。

ご注文方法

こちらよりお問い合わせください。

ご注意事項

受入データを品質検査した結果、解析をお引き受けできない場合があります。

参考文献

Sumedha S. Gunewardena et al. “Deciphering the Developmental Dynamics of the Mouse Liver Transcriptome.” PLoS One. 2015 Oct 23;10(10) e0141220. doi: 10.1371/journal.pone.0141220.

*1  Gene Ontology
*2  Gene Set Enrichment Analysis
*3  Transcripts Per Kilobase Million
*4  Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments
*5  Reads Per Kilobase of exon per Million mapped reads
*6  Trimmed Mean of M values